Los acuíferos se contaminan desde la superficie.  El agua que se infiltra,arrastra los contaminantes que haya sobre el suelo, llevándolos hasta la capa de agua subterránea. Y esta contaminación puede ser localizada, o difusa. 
Cuando es por el primer caso mencionado, es decir, localizada, se produce por el lavado de todas las fuentes de contaminantes mal impermeabilizadas. Algunos ejemplos son los vertederos de residuos urbanos o industriales, las fosas sépticas, depósitos de hidrocarburos subterráneos, materiales producidos durante las labores mineras, sales utilizadas para el deshielo de carreteras. Etc.

Cuando se da el otro caso, y estacontaminación es difusa o dispersa, procede del uso indiscriminado de productos agrícolas como son fertilizantes químicos, productos fitosanitarios ( pesticidas, insecticidas...), abonos orgánicos, etc. Todos aquellos productos que las plantas u otros seres vivos absorben o queden fijados por las partículas sólidas del suelo y más tarde pasan a formar parte del agua subterránea. La probabilidad de que los contaminantes puedan llegar o no a incorporarse en el ciclo del agua dependerá de su solubilidad,  y además de las características físico-químicas del suelo, tales como la capacidad de intercambio iónico, ph, Pedrox, temperatura del agua, etc.

En algunos casos, los contaminantes pueden convertirse en compuestos aún más tóxicos que delos que proceden.

Este agua contaminada fácilmente puede llegar a un río o un pozo ya que el cono de depresión originado sirve de ayuda para la propagación de la contaminación. Esto trae consigo consecuencias fatales e incluso enfermedades para el ser humano, como infecciones, cáncer, alergias, asma. 
Existen miles de compuestos que pueden ser tóxicos, de los más importantes encontramos los nitratos de productos agrícolas.

La recuperación de los acuíferos es muy lenta, y requiere la suspensión de las acciones que produjeron la salinización o de las explotaciones subterráneas.